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#Produkttrends
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Next Generation Sequencing(NGS)Anwendungswissenschaft
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Anwendungswissenschaft
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Die Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologie ist bei genetischen Tumortests weit verbreitet. Einerseits können mit der Gensequenzierung die mutierten Gene von Krebs identifiziert und somit schnell die gezielten Medikamente bestimmt werden; andererseits kann die Probenart das Blut oder sogar der Speichel des Patienten sein, wodurch die Notwendigkeit traditioneller pathologischer Schnitte entfällt und die Schädigung des Organismus des Patienten während des Diagnoseprozesses verringert wird. Im Folgenden werden wir kurz den Prozess der NGS bei der Anwendung von Gentests von Tumorproben vorstellen.
1、Probenannahme und Qualitätskontrolle
Anforderungen an die Plasmaprobe: Das Blutentnahmevolumen für den ctDNA-Test muss mindestens 8 ml betragen und wird mit dem professionellen BunnyTube cfDNA-Konservierungsröhrchen, das bei Raumtemperatur gelagert wird, zum Zentrallabor transportiert. Anforderungen an Tumorparaffinproben (FFPE)
① ganzes FFPE-Gewebe
② Gewebegröße >0,5*0,5cm, Ausschneiden von 5-10 Blättern ungefärbten Paraffingewebes, Dicke 2-5μm
③ Gewebegröße <0,5*0,5cm, 10-15 Blätter erforderlich, in Schnitte geschnitten oder direkt in 1,5mL EP-Röhrchen aufbewahrt, mit einem Tumorzellgehalt von nicht weniger als 10% und nekrotischem Gewebe von nicht mehr als 70%
Die Objektträgerbox sollte mit Namen, Geburtsdatum und Entnahmedatum beschriftet und bei Raumtemperatur gelagert werden.
2、Proben-DNA-Extraktion und Fragmentierung
Für verschiedene Probentypen werden unterschiedliche Extraktionskits verwendet, um die benötigte DNA zu extrahieren, und die DNA aus großen Molekülfragmenten wird durch Ultraschallfragmentierung in kurze Sequenzfragmente einer bestimmten Länge zerlegt.
3、Bibliotheksvorbereitung und Bibliotheksanreicherung
Bibliotheksvorbereitung: Zu den extrahierten DNA-Fragmenten werden vorbereitete Konnektoren hinzugefügt, und anschließend werden mit Hilfe von DNA-Selektions- und Aufreinigungskits große und kleine DNA-Fragmente, die nicht den Anforderungen entsprechen, sowie überschüssige Konnektoren und andere Verunreinigungen entfernt. Anreicherung der Bibliothek: Die Auswahl der Ziel-DNA-Fragmente erfolgt durch Zugabe von blockierenden Oligonukleotiden - molekulare Hybridisierung (Zugabe von Sonden, die durch Hybridisierung mit dem Ziel eingefangen werden sollen) - Adsorption von Sonden (Zugabe von magnetischen Beads und damit Adsorption von Sonden) - magnetische Sedimentation (Einfangen von Zielfragmenten mit Magneten und Elution von Off-Target-Fragmenten).
4、Sequenzierung
5、Bioinformatik-Analyse und Berichterstellung
Nachdem die Probendaten offline sind, analysiert das Rechenzentrum die Daten mit verschiedenen Analyse- und Berechnungsmethoden je nach den Anforderungen der verschiedenen Versuchsprogramme. Auf der Grundlage der Ergebnisse der bioinformatischen Analyse wird dann ein spezifischer Bericht für die Interpretation durch den Arzt erstellt
Die Produkte von BunnyTeeth Technology wurden speziell für NGS entwickelt und konzipiert und finden breite Anwendung bei Onkogen-Tests, NIPT (nicht-invasives pränatales Screening) und Makro-Genom-Sequenzierung.