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Neue COVID-19-Varianten mit Bioinformatik aufspüren

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Wie kontinuierliche Überwachung und Tests helfen werden, mögliche Ausbrüche neuer Varianten zu bewältigen

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Paul Oladimeji, PhD, ist ein auf PCR-Technologien spezialisierter Forscher und derzeit Leiter der Produktentwicklung bei der Novacyt Group. Zu seinen früheren Erfahrungen gehören die Untersuchung von Störungen des molekularen DISC1-Signalwegs bei schweren psychiatrischen Erkrankungen und die Identifizierung von cis-regulatorischen Varianten in AKT1, einem Gen, das für Schizophrenie anfällig ist. Pauls langjährige Erfahrung und sein Fachwissen trugen dazu bei, dass die Novacyt Group eines der weltweit ersten Goldstandard-COVID-19-Testkits auf den Markt brachte, das bei der Bekämpfung der Pandemie helfen soll.

Q: WAS UNTERSCHEIDET DIE COVID-19-DIAGNOSTIKPRODUKTE DER NOVACYT GROUP VON ANDEREN PRODUKTEN AUF DEM MARKT?

A: Wir haben über 500 Produkte zum Nachweis einer Vielzahl von Krankheitserregern. Jedes Produkt weist einen krankheitsverursachenden Mikroorganismus, eine Mikrobe oder ein Virus nach. Wir haben dieses Sortiment, weil unsere Kunden Produkte zum Nachweis einiger Krankheiten benötigen, die von der Molekulardiagnostik nicht so gut abgedeckt werden, wie z. B. vernachlässigte tropische Krankheiten.

Dank unserer Expertise in der Abdeckung eines so breiten Spektrums von Krankheitserregern waren wir in der Lage, als erste ein Produkt für den Nachweis von SARS-CoV-2 zu entwickeln. Die Schnelligkeit, mit der wir das Produkt entwickelt haben, bedeutete, dass wir das erste Unternehmen waren, das ein Diagnostikum für SARS-CoV-2 in Europa anbot, das zweite, das von der WHO zugelassen wurde, und das fünfte, das von der FDA zugelassen wurde.

Das Einzigartige an unseren Produkten ist, dass wir sie so konzipiert haben, dass sie auf einer Vielzahl von Instrumenten verwendet werden können. Wir sind systemunabhängig. Wir haben einen großen Katalog von Produkten, der über die typischen 10 oder 20 hinausgeht, die für unsere eigenen qPCR-Instrumente und die Instrumente anderer Anbieter geeignet sind. Wenn Sie also ein Labor und ein qPCR-Gerät haben, können Sie von unseren Produkten profitieren.

Unser FDA-zugelassenes Produkt für SARS-CoV-2 zeichnet sich durch eine Reihe von Merkmalen aus. Zum einen kann es automatisiert werden, zum anderen können Sie eine manuelle Extraktion durchführen. Unsere Produkte wurden als kompatibel mit einem automatisierten System für Labore mit hohem Durchsatz und Massenautomatisierung validiert. Wir haben auch ein Produkt für die manuelle Extraktion für Labore, die nicht über solche automatisierten Systeme verfügen.

Q: WIE HABEN IHRE PRODUKTE BEI DEN COVID-19-VARIANTEN ABGESCHNITTEN?

A: Das Produkt ist nicht nur der Assay, der an der Tür auftaucht, und ich denke, das ist etwas, das die Leute in den Labors verstehen müssen. Krankheitserreger stehen nicht einfach still. Man hat es mit dynamischen Systemen zu tun, und in dem ganzen Jahr, in dem unsere Produkte im Einsatz sind, hat sich das SARS-CoV-2-Virus weiterentwickelt. Nicht jeder ist jetzt damit vertraut, aber wir waren einer der ersten, die im April 2020 mit der Veröffentlichung unserer bioinformatischen Überwachung begannen. Seitdem wir unser Diagnostikum auf den Markt gebracht haben, veröffentlichen wir wöchentlich bioinformatische Daten, die besagen: "Das ist es, was das Virus tut, und unser Produkt wird es immer noch erkennen." Wir erkennen mit unserem Produkt immer noch alle SARS-CoV-2-Varianten, die es da draußen gibt.

Wenn es etwas Einzigartiges gibt, das wir für unsere Produkte tun, abgesehen davon, dass wir sie vor unseren Konkurrenten auf den Markt bringen, dann ist es die bioinformatische Überwachung mit echter statistischer Strenge, bevor sie sexy wird und jeder sie durchführt.

Die Varianten sind sehr interessant, weil sie die Phantasie der Öffentlichkeit anregen. Jeden Tag gibt es eine neue Variante, aber wird diese Variante auch von Bedeutung sein? Die meisten Varianten tauchen auf und man sieht oder hört wahrscheinlich nie von ihnen oder begegnet ihnen, weil sie keine biologischen Vorteile bieten, so dass sie sich einfach unter die allgemeine Bevölkerung mischen und alle Mutationen, die diese Variante definieren, in der nächsten Generation oder der nächsten Welle nicht lange bestehen bleiben. Aber wir haben alle diese Varianten verfolgt, und wenn man alle veröffentlichten Sequenzen mit einbezieht, decken wir 99,8 Prozent aller Varianten ohne Fehlanpassungen ab. Wir sagen immer noch voraus, dass wir die Varianten mit Fehlanpassungen aufspüren werden, und wir haben mit unseren Primern und Sonden Modellierungen auf Siliziumdioxid und Experimente im Nasslabor mit Varianten durchgeführt, die Fehlanpassungen aufweisen, und gezeigt, dass wir sie immer noch aufspüren können. Wir sprechen also von bioinformatischer Überwachung auf einem Niveau, das noch nie Industriestandard war, aber wir sind wirklich stolz darauf, den Standard zu setzen.

F: WIE WIRD SICH IHRER MEINUNG NACH DER BEDARF AN DIESEN DIAGNOSTISCHEN TESTS IN NAHER ZUKUNFT VERÄNDERN?

A: Natürlich hört man in der Branche vom COVID-Plateau, aber ich denke, es wird ein Hochplateau sein. COVID wird nicht verschwinden - es wird uns für die absehbare Zukunft begleiten und wir werden es in den Griff bekommen müssen, genau wie die Grippe. COVID-Tests ermöglichen es uns, alle neuen Wellen im Auge zu behalten und alle notwendigen Sicherheitsmaßnahmen, die ergriffen werden müssen, mit einem risikobasierten Ansatz zu verwalten. Wir wollen diese Entscheidungen nicht aus dem Bauch heraus treffen, sondern wir brauchen Daten und müssen sie verfolgen. Der COVID-19-Test wird zum Schutz der gesamten Bevölkerung beitragen, indem er uns ermöglicht, mögliche Ausbrüche neuer Varianten in der Zukunft zu kontrollieren.