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Eine neue Weise, irgendein menschliches Virus zu ermitteln

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Einige Viren, wie Zika, können schwierig sein zu studieren, wenn sie plötzlich Ausbrüche verursachen, weil sie stark sein können, in den Blutproben zu ermitteln.

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Jetzt haben Wissenschaftler im Labor von Pardis Sabeti am dort breiten Institut eine Weise geschaffen, molekulare Köder zu entwerfen, die Virions ergreifen können. Das neue Werkzeug, nannte FANG, ermöglicht Forschern, Viren zu studieren, die auf niedrigen Ständen in den klinischen Proben nur anwesend sind. Die Arbeit ist in der Natur-Biotechnologie berichtet worden. Sabeti-discussess, wie wir auf Infektionskrankheitsausbrüche im Video überwachen und reagieren. „Da das genomische Der Reihe nach ordnen ein kritisches Teil Krankheitsüberwachung wird, helfen Werkzeuge wie FANG uns und andere ermitteln die früheren Ausbrüche und mehr Daten auf Krankheitserregern erzeugen, die mit den breiteren Gemeinschaften der wissenschaftlichen und medizinischen Forschung geteilt werden können,“ sagte den mit-älteren Autor der Studie Christian Matranga, die jetzt mit einem Biotech-Start arbeitet.

Virions können, sogar auf niedrigen Ständen, mit metagenomic Techniken gefangen genommen werden, die darauf abzielen, alles Genmaterial in einer Probe der Reihe nach zu ordnen. Aber jene niedrigen Viren können in der riesigen Menge von genetischen Informationen von anderen Quellen, wie Mikroben und Patient DNA verloren erhalten.

Wissenschaftler im Sabeti-Labor benötigten eine Weise, Sonden zu benutzen, die sie bereits für die Entdeckung von Stücken Viren-DNA gemacht hatten, bei die Mikroben, die auf niedrigen Ständen anwesend waren, wie Zika auch anreichern.

„Wir wollten überdenken, wie wir wirklich die Sonden entwarfen, um Gefangennahme zu tun,“ sagten MIT-Studenten im Aufbaustudium Hayden Metsky. „Wir stellten, dass wir Viren, einschließlich ihre bekannte Verschiedenartigkeit, mit weniger Sonden, als gefangennehmen könnten wir hatten verwendet vorher fest. Um dieses ein effektives Werkzeug für Überwachung herzustellen, entschieden uns wir dann ungefähr 20 Viren auf einmal anzuvisieren zu versuchen, und wir stuften schließlich bis zu den 356 Virenspezies ein, die bekannt sind um Menschen anzustecken.“

Sie entwickelten FANG (kompakte Anhäufung von Zielen für umfassende Hybridation), das einem Benutzer ermöglicht, Sonden zu entwerfen, die Genmaterial von den Mikrobenspezies ergreifen, einschließlich Viren, die Leute anstecken. Die Sonden basieren auf jedem menschlichen Virus, das in der GenBank-Datenbank (von der nationalen Mitte zu Biotechnologie-Information) ist und durch irgendeine Zahl von Handelssondesynthesefirmen gemacht werden kann.

In dieser Arbeit benutzten die Forscher FANG, um Sonden für Zika und chikungunya zu entwerfen und waren in der Lage, das Vorhandensein von Zika-Viren in einigen Regionen zu ermitteln, bevor andere Wissenschaftler zu in der Lage waren. Dieses zeigt, dass diese Strategie helfen könnte, Ausbrüche in der Zukunft zu steuern. Ideal würde diese Annäherung in den Standorten verwendet, in denen Virenausbrüche allgemein sind. „Wir möchten, dass unsere Partner in Nigeria in der Lage sind, das metagenomic Der Reihe nach ordnen von den verschiedenen Proben leistungsfähig durchzuführen, und FANG-Hilfen sie, die Empfindlichkeit für diese Krankheitserreger aufzuladen,“ erklärten Habilitationsforscher Katie Siddle.

Die Methode kann Klinikern auch helfen, die antreffen Fieber, die durch ein Virus, aber sind schwierig zu bestimmen verursacht werden. „Wir werden über das Potenzial, das metagenomic Der Reihe nach ordnen zu verwenden aufgeregt, zum des Lichtes auf jenen Fällen zu verschütten und insbesondere die Möglichkeit von so am Ort tun in betroffenen Ländern,“ sagte Siddle.

FANG kann auch leicht benutzt werden, wenn neue Virenreihenfolgen entdeckt werden. Die Sonden, die durch Metsky und Siddle entworfen sind, sind auch für allgemeinen Gebrauch zur Verfügung gestellt worden.

Diese Arbeit verbessert nicht nur unsere Fähigkeit, für Virenausbrüche aufzupassen, aber es könnte in den umfangreichen Studien von microbiomes auch helfen oder ein Diagnose-Tool werden.