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Präzisionsmedizin 2,0

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Daten sind König, wenn es um Präzisionsmedizin geht, aber es nichts ohne seine pragmatische Königin ist: Biologie

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Das ist von einem Schwätzchen mit John Quackenbush, einem Professor am Dana-Farber Cancer Institute und Direktor seiner Mitte für Krebs-Computerbiologie das Mitnehmer.

In einem Telefoninterview vor seiner wesentlichen Darstellung beim bevorstehenden MedCity LAUFEN Konferenz in Philadelphia, am 31. Juli - 1. August zusammen, besprach Quackenbush die Übervereinfachung von Präzisionsmedizin und was angefordert wird, damit Wissenschaft bis zu dem folgenden Niveau weiterkommt.

„Viel Präzisionsmedizin, die wir in der Onkologie getan haben, ist wirklich auf die Bestimmung von einzelnen Veränderungen gerichtet worden, oder die einzelnen Patienten der Veränderungen des Genoms, wie Verstärkung HER-2 und des Zusammenbringens, die auf dem Vorhandensein oder dem Fehlen jener einzelnen Änderungen zu einer Therapie,“ Quackenbush basierten, erklärten.

Das ist ein Testament zu unserem Wissenschaftsverständnis der molekularen Untermauerung Krebses. Dennoch hebt es auch hervor, wie wenig wir wirklich wissen. Trotz unserer Reichweite dieser Wissenschaft, bearbeiten viele gerichteten Therapien nur einen Bruch der Zeit. Und sogar arbeiten die erfolgreichsten Drogen dieser neuen Ära, wie Kontrollpunkthemmnisse, nicht allgemeinhin wie erwartet.

„, was wir auf viele Arten getan haben, wenn wir Präzisionsmedizin einführten, ist wir haben vertreten die sehr stark vereinfachte Ansicht von, wie biologische Systemfunktion,“ sagte Quackenbush.

Es ist eine Lektionsonkologie in den Griff bekommt jetzt. Und in der Zeit, folgen andere Felder.

„Ich denke, dass alle sie sind, die gehen, zum gleichen Punkt in wirklich erkennend, dass einzelne Veränderungen oder einzelne genomische Änderungen nur uns Teil der Weise an wirklich eine Lösung gelangen,“ ihm zu kommen sagten.

Von so wo kommen die anderen Teile?

Viel neues Summen hat um die Integration von phänotypischen Daten in genomische Datenbanken zentriert. Das heißt, die körperlichen Eigenschaften von Patienten und von ihren Tumoren im Laufe der Zeit aufspürend, Projektionen von ihren Genomen nicht einfach machend. Die größte Quelle dieser Informationen ist Krankenblätter, die vor kurzem in den US digitalisiert worden sind.

Quackenbush sieht eine Rolle für diese Daten, aber er ist über das Ablesen zu viel in es vorsichtig.

„Ich denke, dass aller es zusammen gehen muss,“ sagte er. „Es würde groß sein, mehr Daten EHRs herauszuziehen. Das Problem mit die meisten ihnen ist, dass sie nicht für Forschung bestimmt sind. Sie sind nicht einmal wirklich für Patientenversorgung bestimmt; sie sind bestimmt für Vergütung.“

Es ist eine Herausforderung, zum von Informationen an einer Makroskala zu extrahieren, ohne den Zusammenhang der Daten und eine feste Reichweite seiner Beschränkungen zu verlieren.

Viele Leute hetzen vorwärts, um zu versuchen, diese Art von Daten auf eine agnostische Art zu interpretieren, sagte er. Das ist wenn die Wissenschaftler, die in das Problem der Überinstallation oder der Unterinstallation ihre Modelle laufen gelassen werden. Oder sie errichten Modelle, die Wechselbeziehungen finden, die Wert oder Bedeutung der realen Welt ermangeln.

„Ich bin jemand, der, während meiner Karriere, immer diese umfangreichen Datensätze umfasst hat,“ er merkte. „Aber ich bin immer vorsichtig gewesen über, wie wir benutzen sie.“

Quackenbush zeigt auf einen Standort, der „Scheinkorrelationen“ genannt wird, der die Sprünge parodiert, Daten, diewissenschaftler machen können, wenn sie nicht kritisch denken.

Zum Beispiel fand Tyler Vigen Autor eine starke Wechselbeziehung zwischen Heiraten in Kentucky und nationalen Fischerboottodesfällen, unter Verwendung der Daten von der CDC und von nationalen Vital Statistics Reports. Ein anderes Diagramm hebt eine Verbindung zwischen der Anzahl von Filmen hervor, die Nicholas Cage herein und die Anzahl der Menschen erschienen ist, die ertrunken durch das Fallen in ein Pool.

Zu sagen ist sicher, dass diese Verbindungen vermutlich nicht verursachend sind. Es ist härter, diesen Anruf, beim Beschäftigen zu machen komplexe Biologie — und die Stangen sind viel höher. Um wirkliche biologische Einblicke zu gewinnen, sagte Quackenbush dass die Komplexität der Humanbiologie Front des Verstandes sein muss während enorme Datenbestände geknirscht werden.

„Ich sehe großes Versprechen in der Zukunft, aber, nur wenn wir mutig sind über, wie wir anpacken diese biologischen Systeme.“